Vom einstigen Kloster Hiddensee zeugt heutzutage nur noch der Namen des Ortes Kloster sowie die kleine Kirche des Ortes, welche zwar einst zum Kloster gehörte, aber außerhalb der eigentlichen Klostermauern errichtet wurde. Bei der Inselkirche Hiddensee handelt es sich aber nicht um die Reste der ehemaligen Klosterkirche, sondern um eine kleine Kirche für die übrigen Bewohner der Insel, für deren Seelsorge die Mönche des hiesigen Klosters zu sorgen hatten. Dieses war eine Besonderheit des Klosters von Hiddensee, da Mönche für gewöhnlich keine Gottesdienste für einfache Menschen hielten. Daher errichtete man für diese Klientel auch eine eigene kleine Kirche, welche sich nördlich des eigentlichen Klosterkomplexes befand. Der Gebäudekomplex des Klosters von Hiddensee stand auf der unteren Hälfte des Areals zwischen der heutigen Pastorenstraße und der Hafenstraße. Bei wissenschaftlichen Ausgrabungen stieß man auf dem Gelände auf noch vorhandene Grundmauern, aus denen man die ursprüngliche Größe des Klosters ermitteln konnte. Die einstige Klosterkirche befand sich im Norden des Gebäudekomplexes, dem sich südlich ein dreiflügeliger Konvent anschloss, in welchem einst die Mönche lebten.

Die Geschichte des Klosters von Hiddensee ist eng mit der deutschen Besiedlung des Gebietes des heutigen Mecklenburg-Vorpommerns verbunden. Im frühen Mittelalter ermöglichten es die jeweiligen Landesherren mit erheblichen Schenkungen Klöster zu gründen, von denen dann die wirtschaftliche Entwicklung der Region ausging. Die Fürsten von Rügen gründeten mehrere Klöster auf ihrem Territorium. Nachdem sie 1193 das Kloster in Bergen und 1199 das Kloster Eldena und 1231 das Kloster Neuenkamp in der Stadt Franzburg begründeten, übereigneten sie im Jahre 1296 dem Kloster Neuenkamp die Insel Hiddensee, damit sie dort ein Tochterkloster errichten konnten. Das Kloster errichteten die Mönche des Zisterzienserordens im Norden der Insel, während sie südlicher mehrere Ortschaften gründeten. Eines dieser Dörfer hieß Plogshagen, welches heute zur Ortschaft Neuendorf gehört und nur noch als Straßenname weiterexistiert. Im Jahre 1302 errichtete man im Süden der Insel eine Kapelle, nachdem im Jahre 1299 die Verantwortlichkeit für den geistigen Beistand den Mönchen des Klosters übertragen wurde.

Die kleine Kapelle am Gellen existierte aber wohl nicht allzu lange, denn schon ein paar Jahre später beschlossen die Mönche eine neue Kapelle in der Nähe ihres Klosters zu errichten, welche dann im Jahre 1332 geweiht wurde. Das wohl älteste Einrichtungsstück der Kirche dürfte der Taufstein sein, welcher aus der vormaligen Kapelle am Gellen stammt und hier seinen neuen Platz in der Inselkirche gefunden hat. Zur Zeit des Klosters hatte die kleine Kirche ein deutlich anderes Aussehen als heute, denn damals befand sich der Zugang zu den Innenräumen auf der Westseite der Kirche. Auch das Innenleben der Hiddenseer Inselkirche bot ein anderes Bild. Zum einen waren kleinere Fensteröffnungen vorhanden und statt das heutigen Tonnengewölbes besaß der Altarraum des Gotteshauses der Inselbewohner ein einfaches Holzbalkendach. Die kleine Kirche war Verhältnis zur benachbarten Klosterkirche recht klein, denn diese besaß nach den Erkenntnissen der archäologischen Ausgrabungen eine Länge von etwa sechzig Metern. Auch der übrige Komplex der Klosteranlage besaß recht große Abmessungen und war anderen Klöstern der Region absolut ebenbürtig.

Im Zug der Reformation wurde das Kloster im Jahre 1534 aufgelöst und kam in den Besitz der Herzöge von Pommern-Wolgast, die aus den ehemaligen Klosterbesitzungen ein herzogliches Amt formten. Der Dreißigjährige Krieg tobte auch auf der Insel Hiddensee, wobei nicht nur der auf dem Dornbusch befindliche Baumbestand auf den Befehl Wallensteins durch Feuerlegung vernichtet wurde, auch die ehemalige Klosteranlage wurde in diesem Zusammenhang von den Truppen geplündert und in Brand gesteckt. Damit teilte das einst stolze Kloster dasselbe Schicksal mit vielen anderen Klöstern der Region. Der Krieg hinterließ unzählige Opfer und viele Zerstörungen in Pommern. Während andere Klosteranlagen noch heute teilweise oberirdisch sichtbar sind, verschwand das Kloster Hiddensee für immer und ewig aus dem Bild des umgebenden Ortes. Einzig die kleine Kirche blieb sichtbar, in welcher die Bauern, Fischer und Seefahrer der Insel für ihr Seelenheil beten konnten.

Im 18. Jahrhundert begann man die kleine Kirche im größeren Stile umzugestalten. Im Jahre 1702 erhielt die Inselkirche von Hiddensee einen neuen Vorbau, durch den man seitdem in den Altarraum der Kirche gelangt. Über diesen Eingang befindet sich der Glockenstuhl, dessen älteste Glocke nach Angaben der hiesigen Kirchengemeinde noch aus der Zeit des Umbaus stammt. Das Tonnengewölbe wurde erst im Jahre 1780 errichtet. Aus dieser Zeit stammt übrigens auch der Altar und der an der Decke hängende Taufengel der Inselkirche. Die Deckenmalereien sind aber deutlich jünger, denn diese wurden erst im Jahre 1922 durch Nikolaus Niemeier, seines Zeichens Kunstmaler aus Berlin, künstlerisch gestaltet. Auf hellblauem Grund findet man zahlreiche Rosen, weshalb man die Decke der Kirche auch als den Hiddenseer Rosenhimmel bezeichnet. Im Inneren der Inselkirche findet man einiges an Inventar, welche noch aus der Zeit vor dem Umbau stammen. So eine Grabplatte des Johannes Runnenberg, der zu Lebzeiten der Abt des Klosters Hiddensee war. In unmittelbarer Nähe gibt es ein Bild das an das feuchte Grab des Kaufmann Samuel Vöhsan erinnern soll, der im Jahre 1611 in den Fluten der Ostsee ertrank. Die Orgel der Hiddenseer Inselkirche zählt zum jüngeren Inventar, denn diese wurde erst im Jahre 1943 durch die in Potsdam beheimatete Orgelbaufirma Schuke gefertigt.

Wenn man den Ort Kloster bei einem Ausflug besucht, dann sollte man auch die kleine Inselkirche besichtigen, welches offiziell das älteste Gebäude der Insel Hiddensee ist. Auf dem Friedhof hinter der Kirche findet man unter anderem auch das Grab des Literaturnobelpreisträgers Gerhart Hauptmann, welche zu den Liebhabern der beschaulichen Insel gehörte und hier ein Sommerhaus besaß, in welchem sich heute das Gerhart-Hauptmann-Haus befindet, ein kleines Museum, das sich mit seinem Leben und Werk beschäftigt. Neben den Gottesdiensten, welche jeden Sonntag um 10:00 Uhr veranstaltet werden, organisiert die Kirchengemeinde übrigens auch Konzerte und Lesungen in den Räumlichkeiten der Kirche.