Die Jakobikirche ist eine siebenjochige, dreischiffige Pfeilerbasilika und die jüngste und zugleich auch kleinste der drei Stralsunder Pfarrkirchen. Erstmalig wurde dieser Kirchenbau in einer Schenkungsurkunde aus dem Jahre 1303 erwähnt, als der Fürst Sambor von Rügen der Stadt Stralsund das Patronat über eine St. Jakobi- Schule übergab. Im Jahre 1321 war der Bau des Chores abgeschlossen. Der Altar wurde dreißig Jahre später durch den Bischof von Cammin geweiht.
Der heutige Kirchturm wurde etwa 1488 fertig gestellt, dabei wurde der Großteil des ursprünglich erbauten Turmes abgetragen. Aufgrund des schlechten Baugrundes war nämlich ein Neubau notwendig gewesen, da es im Jahre 1382 zu einem Einsturz des Kirchturms kam. Die Sakristei der Kirche wurde in der Mitte des 15. Jahrhunderts fertig gestellt. Bei der Belagerung von Stralsund durch die Armee von General von Wallenstein, an die heute noch die Wallensteintage erinnern, trafen viele Kanonenkugeln das Gebäude. Mehrfach schlug der Blitz in den Turm ein. Im Jahre 1662 sogar so stark, dass nicht nur die gotische Kirchturmspitze zerstört wurde, sondern auch andere Teile der Kirche beschädigt wurden. Nach diesem Brand bekam der Turm der Jakobikirche eine neue barocke Turmhaube. Später wurde die Kirche bei der Belagerung durch brandenburgische Truppen und während des nordischen Krieges von einigen Kanonenkugeln schwer getroffen. Während der Besatzung der Stadt durch Napoleon wurde die Jakobikirche als gewöhnlicher Pferdestall genutzt.
Von der ursprünglichen Einrichtung ist vieles nicht erhalten geblieben. Bei einem Bombenangriff im Jahre 1944 wurden die Jakobikirche und viele der Häuser in der näheren Umgebung schwer beschädigt. Einige wertvolle Gegenstände waren vorher ausgelagert, so auch Teile der barocken Mehmetorgel, ein Großteil des Inventars aber wurde aber geplündert beziehungsweise das Gestühl zum Heizen verwendet. Nach dem Krieg begann man mit einigen Instandsetzungsarbeiten, wobei die Jakobikirche lange Zeit als Baustofflager genutzt wurde. Kurz nach der Wende im Jahre 1989 begann man die Jakobikirche in eine Kulturkirche umwandeln. Seitdem finden in den alten Gemäuern nicht nur regelmäßig Konzerte und Theateraufführungen statt, sondern es werden auch verschiedene Kunstausstellungen präsentiert.